طراحی بیوانفورماتیکی و ساخت ژن کایمر دربردارنده زیر واحد B کلراتوکسین و زیر واحد A پیلی ویبریو کلرا

زمینه و اهداف: وبا بیماری خطرناکی است که توسط ویبریو کلرا ایجاد می‌شود. فاکتور کلونیزاسیون پیلی Toxin-coregulated pili A (tcpA) و توکسین کلرا مهم‌ترین عوامل بیماری‌زایی ویبریوکلرا می‌باشند. زیر واحد B انتروتوکسین  Cholera toxin subunit B (ctxB)مسئول اتصال سم به سلول یوکاریوتی است و tcpA که برای کلونیزاسیون باکتری ضروری است، ویژگی‌های ایمونوژنیک دارند. پروتئین‌های کایمر دربردارنده اپی توپ و ادجوانت، می‌توانند سبب افزایش خاصیت ایمونوژنیسیتی پروتئین‌ها شوند و سبب بروز پاسخ‌های ایمنی گردند. هدف از تحقیق طراحی ایمنوژن کایمر علیه فاکتورهای اتصال و توکسین ویبریو کلرا بود. مواد و روش کار: ژن ctxB و tcpA به لحاظ وجود کدون‌های نادر  در سال 95 مورد بررسی قرار گرفتند و بهینه‌سازی ژن‌ها انجام شد. نیمه‌عمر و شاخص ناپایداری پروتئین تعیین گردید. ساختارهای دوم و سوم پروتئین پیش‌بینی و ارزیابی شد. اپی توپ‌های خطی و فضایی نیز تعیین گردید. پلاسیمد نوترکیب به سلول‌های مستعد منتقل و بیان پروتئین با استفاده از  IPTG القا گردید. بیان پروتئین با روش SDS-PAGE وسترن بلاتینگ ارزیابی شد. یافته‌ها: شاخص ناپایداری پروتئین کایمر 24/04 بود. شاخص سازگاری کدون سازه کایمر به 0/9 افزایش یافت. ساختار سوم پیش‌بینی‌شده نیز کیفیت مناسبی را داشت و mRNA آن نیز پایدار بود. اپی توپ‌های فضایی و خطی در هر دو دومین پروتئین کایمر دیده شد. آنالیز همسانه سازی، پلاسمید نوترکیب واجد ژن کایمر را تائید کرد. بیان پروتئین نوترکیب از ژن سنتزی منجر به تولید پروتئینی با وزن 37 کیلو دالتون شد. نتیجه‌گیری: با توجه به نتایج بررسی‌های بیوانفورماتیکی و بیان پروتئین نوترکیب می‌توان از آن به‌عنوان ایمونوژن جهت بررسی‌های ایمنی علیه وبا استفاده شود.